El vasto conocimiento que caracterizó al Dr. Pedro Joaquín Bermúdez en las Ciencias Naturales y en el campo de la Micropaleontología, aunado a la humildad y calidad humana excepcionales, trasciende hasta nuestros días cuando diversos estudiosos perpetúan su nombre y su obra al adjudicar un buen número de especies al insigne científico. Como un sencillo pero sentido homenaje, presentamos una lista de algunas de las especies más conocidas en honor al Dr. Pedro Joaquín Bermúdez.
Plantas
Annularia (Bermudezia) bermudezi de la Torre & Bartsch, 1941
Beania bermudezi Lagaaij, 1968
Nannofósiles
Nannoconus bermudezi Furrazola-Bermúdez 1972
Foraminíferos
Clavoratella bermudezi (Bolli 1957)
Hastigerina bermudezi Bolli (1957)
Globorotalia bermudezi Rögl & Bolli 1973
Siphotextularia occidentalis bermudezi Mikhalevich, 1978
Chitinoidella bermudezi Furrazola-Bermúdez
Cymbaloporetta bermudezi (Sellier de Civrieux)
Matanzia bermudezi Palmer
Operculinoides bermudezi (Palmer)
Ranikotalia (Nummulites) bermudezi (Palmer)
Briozoarios
Skylonia bermudezi Keij, 1973
Crustáceos
Munidopsis bermudezi Chace, 1939
Moluscos
Vitreolina bermudezi (Pilsbry & Aguayo, 1933)
Liguus flammellus bermudezi (Clench, 1934)
Caecum bermudezi Pilsbry & Aguayo 1934
Meioceras bermudezi Pilsbry & Aguayo, 1934
Physella bermudezi Aguayo, 1935
Rissoa bermudezi Aguayo & Rehder, 1936
Folinia bermudezi (Aguayo & Rehder, 1936)
Fulgurofusus (Fulgurofusus) bermudezi (Clench & Aguayo, 1938)
Columbarium bermudezi Clench & Aguayo, 1938
Scaphella (Scaphella) bermudezi (Clench et Aguayo, 1940)
Orbitestella bermudezi (Aguayo & Borro, 1946)
Bostryx bermudezi Weyrauch, 1958
Heterocoptis (Bermudezicoptis) bermudezi Jaume & de la Torre, 1972
Artrópodos
Croesomyrmex bermudezi Wheeler, 1931
Temnothorax bermudezi (Wheeler, 1931)
Camponotus bermudezi Aguayo, 1932
Porcellionides bermudezi Boone, 1934
Diplocentrus bermudezi Moreno 1938
Heteronebo bermudezi (Moreno, 1938)
Bolbodimyia bermudezi Tidwell and Philip
Zonopimpla bermudezi Gauld
Vertebrados
Gnathypops bermudezi, Hlke, 1961
